Introducción: Se ha establecido la asociación entre la infección por Papilomavirus humano (PVH) y la progresión al cáncer anal en hombres seropositivos al VIH. Objetivo: Determinar la frecuencia de lesiones intraepiteliales escamosas anales (LIEA), así como de la infección por PVH en el canal anal de hombres cubanos seropositivos al VIH. Materiales y Métodos: Se estudiaron 56 pacientes. A cada paciente se le tomó una muestra de la mucosa anal para el estudio citológico y la detección de PVH. Se identificó y cuantificó PVH de bajo riesgo (6 y 11) y de alto riesgo oncogénico (16, 18, 31, 33, 45 y 58). Resultados: El estudio citológico mostró un predominio de lesiones de bajo grado (60.7%) y en segundo lugar de las citologías atípicas (25.0%). La infección por PVH se identificó en el 89.3% de la población estudiada y la frecuencia de infección por algún genotipo de alto riesgo fue de un 77%. El genotipo más frecuente fue el PVH 16 (52%), mientras que el PVH 18 se asoció a la presencia de lesiones de alto grado (p= 0.013). Se identificaron como posibles factores de riesgo para la presencia de lesiones citológicas y para la infección viral, el valor de la carga viral de PVH (p=0.006)  y la práctica sexual ano-receptiva (p=0.008), respectivamente. Conclusiones: Este es el primer reporte de detección de PVH en LIEA de hombres cubanos seropositivos al VIH. La mayoría de los individuos estuvieron infectados con genotipos de alto riesgo y presentaron algún tipo de alteración en la citología anal.